28 сентября 1997 года в Санкт-Петербурге состоялись первые выборы муниципальных депутатов. В тот день из-за завышенного порога явки выборы признали действительными лишь в 32 МО из 111. Кандидатов РПЦ-Яблоко было 333, депутатами с первого раза стали 9 человек.
Оставшиеся 79 МО выбирали депутатов 8 февраля 1998 года уже без всякого порога явки. Из 378 наших кандидатов выиграли выборы 208, а всего депутатов стало 228 — с учётом избранных в сентябре и поддержанных Яблоком. В 11 МО депутаты Яблока взяли большинство.
14-15 марта 1998 года прошёл шестой съезд Яблока. На нём из «Общественного объединения» Яблоко стало «Общероссийской политической общественной организацией» — по новому законодательству только политические организации могли участвовать в федеральных выборах. Явлинского переизбрали председателем, Иваненко, Игрунов и Лукин остались его заместителями.
В устав внесли поправки: чтобы вступить в Яблоко, теперь нужно было пройти кандидатский стаж (от 6 до 12 месяцев) и получить рекомендации от двух членов организации. Также гражданам запретили одновременно быть членом Яблока и другой политической организации, а также запретили коллективное членство всем политическим организациям. Эти поправки вступили в силу через год.
На съезде заявляли, что к уже осени 1999 года Яблоко преобразуется в политическую партию. В реальности этот процесс занял гораздо больше времени, и партия Яблоко появилась лишь в декабре 2001 года.
Лариса Юдина была редактором независимой газеты «Советская Калмыкия сегодня» и сопредседателем калмыцкого Яблока. Вечером 7 июня 1998 года она была убита у подъезда своего дома. В Яблоке убийство признали политическим и связали с антикоррупционной деятельностью Юдиной.
Через полтора года Верховный суд РФ назвал организатором убийства бывшего помощника Кирсана Илюмжинова — главы Калмыкии в те годы, а исполнителем — его сообщника. В 2000 году Юдину посмертно наградили орденом Мужества.
После случившегося 17 августа 1998 года дефолта президент отправил правительство Кириенко в отставку. Исполняющим обязанности стал Черномырдин, и его же внесли на утверждение в Госдуму. Но почти все фракции, включая Яблоко, выступили резко против нового-старого премьера и дважды провалили его кандидатуру. Если бы и при третьем голосовании Черномырдина не утвердили, то президент распустил бы Госдуму и назначил внеочередные выборы.
7 сентября Явлинский выдвинул в премьер-министры Евгения Примакова — министра иностранных дел в прошлом правительстве, которого, к тому же, поддерживали коммунисты. Четыре дня спустя Госдума утвердила Примакова в должности, «за» были почти все фракции. Примаков остаётся пока единственным главой правительства РФ, назначить которого предложила оппозиция.