Специальная комиссия Госдумы для подготовки обвинений президенту Ельцину была создана в июне 1998 года. Процедуру импичмента инициировали коммунисты, но к работе комиссии присоединилась и фракция Яблока — правда, на своих условиях. Яблочники добились выдвижения обвинения в начале Чеченской войны. Кроме пункта о Чечне комиссия к февралю 1999 года сформулировала ещё четыре обвинения: развал СССР, разгон Верховного совета и Съезда народных депутатов, развал армии и даже геноцид русского народа.
15 мая в Госдуме состоялось голосование по этим пяти пунктам. Для продолжения процедуры требовалось набрать хотя бы по одному вопросу 300 голосов — тогда бы вопрос рассмотрел Совет Федерации. Но голосов оказалось недостаточно. Максимум получил чеченский пункт — 283 голоса, среди них были почти все яблочники. Обвинение в разгоне ВС и СНД получило 263 голоса (его поддержало чуть меньше половины фракции Яблока), остальные — 238-241 голос.
За несколько дней до рассмотрения обвинений в Госдуме Ельцин отправил в отставку Примакова. Следующий премьер — Сергей Степашин — продержался на посту меньше трёх месяцев. 9 августа 1999 года и.о. главы правительства был назначен Владимир Путин. За прошедшие полтора года он стал пятым премьером России, и именно ему предстояло стать преемником Ельцина — хотя в момент назначения никто и подумать не мог, что очередному, казалось бы, техническому премьеру уготована эта роль.
16 августа Государственная Дума отдала за Путина 233 голоса — рекордно низкое количество. Фракция Яблока объявила свободное голосование по его кандидатуре, и «за» было меньше половины. Среди проголосовавших «за» был Явлинский: он мотивировал это отказом Путина установить за ним прослушку, как того хотел Примаков.
Результаты голосования фракции Яблоко
| За | 18 |
| Против | 8 |
| Воздержались | 4 |
| Не голосовали | 15 |
Одновременно с назначением Путина началась новая война на Кавказе: чеченские боевики вторглись в Дагестан. Теперь общественное мнение оказалось на стороне правительства, снова решившего подавить конфликт силой. После взрывов домов в Москве и других городах премьер-министр Путин пообещал замочить боевиков в сортире, и эта риторика быстро обрела популярность.
Яблоко фактически осталось единственной политической силой, не поддержавшей войну. Явлинский предлагал вернуться к дипломатическим методам, но не был услышан. Именно войне в Чечне были посвящены знаменитые дебаты Явлинского и Чубайса в студии НТВ 26 ноября, где Чубайс заявил о «возрождении российской армии в Чечне».
Летом 1999 года у Яблока был довольно высокий рейтинг. На седьмом съезде, прошедшем в два этапа (27-28 августа и 19-20 сентября), сверхзадачей участия в выборах в Госдуму назвали удвоение фракции. Явлинский снова возглавил список, Лукин вернулся на третью позицию, а вторым стал только что отставленный премьер Степашин.
За время агитационной кампании с нуля раскрутилось движение Единство — с ним поделился популярностью Путин. На государственных телеканалах была запущена кампания по дискредитации лидеров блока Отечество — вся Россия, который сначала считался фаворитом выборов. А рейтинг Яблока упал вдвое — объединение продолжало отстаивать антивоенную позицию.
Яблоко набрало 6%, или 3 955 611 голосов. Фракция сократилась более чем вдвое и теперь насчитывала 21 депутата — 16 прошли по списку, 4 победили в округах (и снова один независимый присоединился после выборов — как и в 1995 году, это был Пётр Шелищ). Первое место фактически разделили КПРФ и Единство, третьим стал ОВР. В Госдуму вернулись «неяблочные» демократы из Союза правых сил.
| КПРФ | 24.3% | |
| Единство | 23.3% | |
| Отчество — вся Россия | 13.3% | |
| Союз правых сил | 8.5% | |
| Блок Жириновского | 6.0% | |
| Яблоко | 5.9% | |
| Остальные | 18.7% |
Тексты: Григорий Шерстюк
Дизайн: Евгений Решетнёв
урбанистическая фракция Яблока, 2020