2000
Парламентский кризис

В Госдуме первых двух созывов руководящие посты (Совет Думы, главы комитетов) распределялись между всеми фракциями пропорционально их численности в соответствии с «пакетным соглашением». В третьем созыве вышло иначе. На первом заседании 18 января 2000 года сложился ранее немыслимый союз коммунистов и партии власти. КПРФ и Единство со своими депутатскими группами-сателлитами и примкнувший к ним Жириновский сами распределили между собой все посты, практически ничего не оставив меньшинству.

Яблоко не получило ни одного комитета; по квоте фракции Дума отказалась утверждать заместителем председателя Лукина. Явлинский назвал большинство «КоЖиЕдом» (Коммунисты-Жириновский-Единство), а фракция Яблока вместе с Регионами России, Союзом правых сил и Отечеством покинула зал заседаний и месяц бойкотировала работу ГД. Немного позже Лукин всё же стал зампредом, ещё через два года депутат от Яблока Шишлов возглавил комитет по науке и образованию.

Президентские выборы 2000

Сначала очередные выборы президента планировалось провести 4 июня 2000 года, но после досрочной отставки Ельцина их сдвинули на 26 марта. Путин баллотировался в качестве и.о. президента, и его поспешили поддержать вчерашние противники — Лужков и Примаков. Яблоко не стало пропускать выборы, но времени на проведение съезда не было, и 19 января Явлинского выдвинула инициативная группа избирателей.

Явлинский был единственным кандидатом, открыто критиковавшим Путина. На этот раз он стал третьим, набрав 4 351 450 голосов (почти 6%). Путин победил в первом же туре.

Путин 52.9%
Зюганов 29.2%
Явлинский 5.8%
Остальные 12.1%
Выборы губернатора

Санкт-Петербурга 2000
14,7%
Игорь Артьемьев

72,7%
Владимир Яковлев

Новые выборы губернатора несколько раз переносили, но в конце концов они состоялись 14 мая. Яковлев шёл на второй срок с очень высоким рейтингом, сумев избавиться от сильных конкурентов (Степашин, Матвиенко).

Оппозицию представляли только демократы. Яблоко и Союз правых сил впервые в России решили провести предвыборные губернаторские праймериз, чтобы выбрать единого кандидата. От Яблока выдвинулся снова Игорь Артемьев, от СПС — правозащитник Юлий Рыбаков. 4 мая на праймериз две трети избирателей (15 тысяч из 22 тысяч, пришедших голосовать) выбрали Артемьева.

Но праймериз мало повлияли на исход выборов. Яковлев в первом же туре получил больше 70% голосов, Артемьев набрал почти 15% (260 666 голосов).

Демократическая коалиция

После парламентского кризиса в начале года фракции Яблока и Союза правых сил стали сближаться. Уже 19 апреля они создали Координационный совет двух фракций. Теперь демократические депутаты вместе работали над законопроектами и вносили поправки. 21 июня Владимир Лукин от Яблока и Ирина Хакамада от СПС подписали соглашение «О мерах по объединению». На восьмом съезде Яблока выступали Борис Немцов и Хакамада — первый и последний раз в истории.

К осени начались разговоры о формировании единого списка на следующих парламентских выборах, а некоторые члены ярославского отделения Яблока и вовсе предложили объединению самораспуститься и войти в СПС. Но так далеко мало кто готов был пойти. В мае 2001 года СПС стал партией, и постепенно планы по созданию полноценной коалиции сошли на нет. Периодически СПС и Яблоко создавали союзы на региональных выборах, но на федеральном уровне общего языка найти не смогли. За время работы Госдумы третьего созыва из фракции Яблока в СПС ушли два депутата.

Лукин и Хакамада на пресс-подходе
Восьмой и девятый съезды

После президентских выборов (8-9 июля) прошёл восьмой съезд Яблока. В центре внимания снова была реформа объединения. Два из трёх постов заместителей председателя ликвидировали (Лукин остался единственным). Вместо них появились восемь секретарей, каждый из которых отвечал за своё направление: выборы, думская фракция, GR, PR, партийное строительство, идеология, информационная политика, общепартийные проекты. Создали также партийный арбитраж для разрешения конфликтов внутри организации, снова избрали Явлинского председателем.

На девятом съезде 28-29 октября реформа получила содержание: приняли положение о партийном арбитраже, избрали секретарей. Долго эта конструкция не прожила: на следующем съезде её признали неудачной и отменили.